Al establecerse el Nuevo Santander a mediados del siglo XVIII, se acabó de integrar el Noreste de la Nueva España, un espacio regional que la Corona española confirmó por medio de varias instituciones que respondían a la reorganización colonial de los Borbones, que abarcaban aspectos de carácter militar, religioso, hacendado y político. La fundación del Nuevo Santander implicó también el trasvase de población desde Coahuila y el Nuevo Reino de León a la nueva provincia, lo que le permitió la difusión de un mismo patrón de cultura en la región. En el caso de Reynosa, la mayor parte de sus fundadores originales procedían del Nuevo Reino de León.
La primera medida adoptada para la unificación del Noreste fue la erección de un Obispado, ya que antes su espacio correspondía a los obispados de Nueva Galicia, Michoacán y el Arzobispado de México, cuyas cabeceras distaban a cientos de kilómetros de la región. Por tal razón el Rey Carlos III dispuso en 1773 la creación del Obispado del Nuevo Reino de León, que abarcaría esta provincia y a las de Coahuila, Texas y el Nuevo Santander, tal y como fue confirmado en 1777 por el Papa Pío VI en la bula “Relata Semper”. 
Este Obispado, cuya cabecera radicó en Monterrey, se encargó de secularizar paulatinamente la vida religiosa en el Noreste, en detrimento de las misiones de indios. En el caso de Reynosa, su elevación a la categoría de parroquia ocurrió en 1805. Aportación importante del Obispado fue la creación en 1793 del Colegio Seminario de Monterrey, al constituirse en el semillero de la educación superior en el Noreste. 
La Comandancia de las Provincias Internas fue otra institución que coadyuvó a la definición regional del Noreste, si bien en un principio aglutinó a todas las provincias del Septentrión. La idea de esta estructura militar fue obra del visitador José de Gálvez, quien la estableció en 1766, con capital en Arizpe, Sonora, y cuyo objetivo final era formar un nuevo Virreinato, independiente de la Nueva España. En 1788 y para optimizar esfuerzos, se formó la Comandancia de las Provincias Internas de Oriente, agrupando en un solo mando, más lógicamente a Texas, Coahuila, el Nuevo Reino de León y el Nuevo Santander. La fuerza de esta unidad se demostró entre 1813 y 1821, cuando el brigadier Joaquín de Arredondo dominó a todos los desafíos insurgentes surgidos en la región. 
El siguiente paso en la unificación del Noreste fue la creación de la Intendencia de San Luis Potosí en 1786. Para el Nuevo Santander y en particular para Reynosa, las funciones administrativas de la intendencia tuvieron una influencia directa en su vida económica. Tal fue el caso del cobro de impuestos a la extracción y comercialización de sal en la “Real Salina de la Purificación del Río Grande” o “Salinas del Rey”, cuya regulación fiscal comenzó desde 1771 por instrucciones de Melchor Noriega y que para 1795 reportaba como ingresos en el Nuevo Santander la suma de 7,000 pesos, recolectados tanto en Reynosa como en las salinas de la villa de Altamira.
Otorgar mercedes de tierra fue otra facultad de la intendencia, que permitió la ampliación de los ranchos de las Villas del Norte, como la extensa merced de San Salvador del Tule, concedida en 1797 al reynosense Juan José Ballí, entre los ríos Bravo y Nueces.
Finalmente, la última institución colonial que articuló al Noreste, fue la Diputación de las Provincias Internas de Oriente, formada en 1814 por disposición de las Cortes de Cádiz, a raíz de que Napoleón invadió España y aprehendió al rey Fernando VII. La Diputación de las Provincias Internas de Oriente, propuesta por el diputado coahuilense Miguel Ramos Arizpe, tuvo su sede en Monterrey, y fue un importante antecedente institucional en la posterior formación de los estados federales de Nuevo León, Tamaulipas y Coahuila-Texas.
